用户在编写用户程序或选择设备时，必须明确了解以下三个阶段，即用户程序执行过程的基本原理。
耐低温PLC采用集中式处理方式，即对输入信号进行扫描、执行用户程序以及刷新输出都采取集中分批的工作模式。
在这一阶段，PLC以扫描的方式读取所有输入端子的信号，并将这些信号存储在输入映像区，同时刷新输入映像存储器。在程序执行和输出刷新阶段，输入映像存储器与外部信号保持隔离，其内容在此期间不会改变，直到下一个扫描周期的输入扫描阶段才会重新读取输入信号进行更新。因此，PLC在执行程序和处理数据时，并不直接使用实时的输入信号，而是使用在此次采样时存入映像区的数据。如果输入设备使得PLC的某输入端形成闭合回路，内部对应的输入继电器会保存为“1”，相当于该继电器线圈处于导通状态。在程序执行中，该编号对应的触点将会动作；而若输入设备使该输入开路，则对应的内部输入继电器会保存为“0”，表示继电器线圈未导通，此时程序执行过程中对应的触点则不会动作。在PLC处于非输入扫描阶段时，即使外部输入设备的状态发生变化，内部输入继电器也不会更新，需等到下一个输入扫描阶段才能根据当前的输入状态进行刷新。因此，对于持续时间少于几毫秒的输入信号，往往难以被及时采集到。
在执行用户程序的过程中，耐低温PLC会按照梯形图程序的顺序，从上到下、从左到右逐个扫描并执行指令，这个过程遵循助记符指令表中的顺序。如果遇到程序跳转指令，则根据跳转条件的满足与否来决定跳转的地址。在程序执行时，PLC会从输入映像区获取输入变量的当前状态，然后根据程序逻辑进行运算或其他运算，并将结果存储在相应的内部继电器中，这些包括输出继电器、内部辅助继电器、定时器和计数器等。输出继电器的信号会存放在输出映像区，输出继电器与PLC外部的同编号输出点相对应。
在程序执行的过程中，同一周期内，之前的逻辑结果会影响后续触点的状态，即较晚执行的程序可能会使用到之前最新的中间计算结果；然而，在同一周期内，后面的计算结果不会对前面的逻辑关系产生影响。在当前扫描周期中，输入继电器以外的所有内部继电器的最终状态（是否导通）将会影响下一个扫描周期各触点的开启与关闭。
（3）在输出刷新程序执行阶段，运算结果会被存储在输出映像区，而不是直接发送到输出端口。在输出刷新阶段，耐低温PLC会将输出映像区中的变量传送到输出锁存器，然后由这个锁存器通过输出模块生成当前周期的控制输出。如果内部输出继电器的状态为“1”，则输出继电器的触点会闭合。所有输出设备的状态会保持一个扫描周期。