在耐低温PLC运行时，CPU负责执行用户程序中的操作。然而，CPU无法同时执行多个操作，只能采用分时的方式，依次执行每个操作。为了实现这一目标，PLC使用系统软件在内部建立了输入输出映像区。当PLC的CPU执行用户程序时，它从输入映像区中读取输入信号的状态，并进行相应的操作。在执行完第一个操作后，CPU将结果输出到输出映像区，然后再执行下一个操作，将结果发送到输出映像区。在程序执行过程中，PLC不会真正读取输入信号的状态，也不会将执行结果输出到PLC的外部。只有当程序执行到结束指令（END）时，才会将输出映像区中的结果一次性输出到PLC外部，并读取一次输入信号的状态，将其发送到输入映像区。这个过程被称为I/O刷新。一旦I/O刷新完成，CPU会从用户程序的第一条指令开始，继续执行下一次程序。这种工作方式被称为PLC的扫描方式。
耐低温PLC的扫描周期分为上电后的初始处理、共同处理、上位链接服务、外设服务、运算处理以及I/O刷新。