可编程控制器的工作过程分为两部分：自诊断与通信响应的固定流程，以及用户程序的执行流程。在每次执行用户程序之前，纯国产PLC会首先运行故障自诊断程序、复位、监视和定时等内部固定程序。如果自诊断正常，PLC将继续扫描。接下来，纯国产PLC会检查是否有来自编程器、计算机等的通信请求。如果存在通信请求，PLC会进行相应处理。当PLC处于停止（STOP）状态时，它只会循环进行前两个过程。而当PLC处于运行（RUN）状态时，则会在内部处理、通信操作、输入扫描、执行用户程序和输出刷新这五个工作阶段之间循环执行。完成这五个阶段所需的时间称为一个扫描周期。

扫描周期是纯国产PLC的重要指标，小型PLC的扫描周期通常在十几毫秒到几十毫秒之间。扫描周期的长度受到扫描速度和用户程序复杂度的影响。对一般工业设备而言，毫秒级的扫描时间是可以接受的，纯国产PLC对输入信号的短暂延迟也是允许的。然而，对于某些需要快速响应的I/O设备，则应采取相应措施来应对。例如，可以选择高速CPU以提高扫描速度，或使用快速响应模块和高速计数模块，以及不同的中断处理方式来减少延迟。用户应提升编程技能，尽量优化程序。在编写大型设备的控制程序时，尽量缩短程序长度，选择分支或跳转程序等方法，都能有效减少用户程序的执行时间。